Ustanowiony Rozporządzeniem Rady Ministrów z 24 listopada 1994 r. z mocą obowiązującą od 1 stycznia 1995 r. Zajmuje on powierzchnię 19961,62 ha, w tym 90 % w woj. podkarpackim, a 10% w małopolskim. Powierzchnia otuliny wynosi 22697 ha.
Park obejmuje znaczną część obszaru źródłowego Wisłoki - pasmo Magury Wątkowskiej i część pasma granicznego Karpat. Lasy zajmują 93 % powierzchni ogólnej Parku, reszta terenów to głównie, nieużytkowane od ponad 50 lat, łąki i pastwiska. Cały teren znajduje się na terenie Karpat Zewnętrznych (czyli fliszowych), a dokładnie na ich części - płaszczowinie magurskiej. Całość budują więc skały fliszowe, czyli przewarstwienia łupków, piaskowców, iłowców, mułowców i margli. Gdzieniegdzie napotkać można skały węglanowe, jak wapienie czy dolomity.
Drzewostan dzieli się na 2 piętra: piętro pogórza (do 530 m n.p.m.) to grąd, olszynka karpacka i olszynka bagienna a regiel dolny (ponad 530 m n.p.m.) - buczyna karpacka. Dużą powierzchnię zajmują też lasy jodłowe i jodłowo - świerkowe oraz sztuczne: sosna i brzoza. W 60 rozpoznanych i opisanych zbiorowiskach roślin przeważają leśne. Potwierdzono występowanie ponad 800 gatunków roślin naczyniowych (przy 850 w całym Beskidzie Niskim). Występuje tu 45 gatunków górskich, w tym 2 subalpejskie: ciemiężyca zielona i modrzyk górski oraz osobliwość: kozłek trójlistkowy. Występuje zarówno flora wschodniokarpacka (sałatnica leśna, oszloch dwulistny, kostrzewa górska, smotrawa okazała) jak i zachodniokarpacka (przytulia okrągłolistna), co świadczy o przejściowym charakterze tego terenu. Znaleźć możemy ok. 70 gatunków chronionych, np. tojady: dzióbaty i mołdawski, dziewięćsił bezłodygowy, buławnik wielokwiatowy, żłobik koralowy, goździk kosmaty i wawrzynek wilczełyko.
Żyje tu 35 gatunków ssaków, wśród nich także duże, drapieżne, jak np. niedźwiedź brunatny, ryś, żbik, wilk, lis, kuna leśna. Znaleźć możemy także jelenia europejskiego, sarnę, dzika, wydrę i bobry. Ponadto 137 gatunków ptaków, np. orlik krzykliwy (symbol Parku), puchacz, trzmielojad, bocian czarny, siniak, puszczyk uralski, dzięcioł białogrzbiety, pluszcz, pliszka górska, drozd obrożny, orzechówka, dzięcioł trójpalczasty, myszołów. Występuje ok. 12 gatunków ryb, w tym 4 chronione. Płazy i gady: salamandra plamista, traszka górska, karpacka i grzebieniasta, kumak górski, żmija zygzakowata, gniewosz plamisty, zaskroniec zwyczajny, 79 gatunków motyli dziennych, 15 gatunków trzmieli i 262 gat. ryjkowców. Ogółem w Parku żyje co najmniej 200 gatunków zwierząt chronionych.
Rezerwat skalny "Kornuty"
Utworzony w 1953 r. Zajmuje obecnie powierzchnię 11,9 ha. Znajduje się on przy grzbiecie pasma Magury Wątkowskiej, granicząc z terenem Magurskiego Parku Narodowego. Na terenie rezerwatu znajdują się wychodnie skalne piaskowca magurskiego płaszczowiny magurskiej oraz ciekawe zespoły buczyny karpackiej i kwaśnej buczyny górskiej, wraz z gatunkami flory regla dolnego. Kiedyś rosły tu dwa okazy kosodrzewiny, ale uschły - było to ostatnie miejsce występowania kosodrzewiny w Beskidzie Niskim. Rezerwat charakteryzuje się również bardzo bogatą fauną owadzią. Znajduje się tu jedna z najdłuższych w polskich Beskidach jaskinia Mroczna. Jest ona siedliskiem kilku gatunków nietoperzy. Nie jest oficjalnie udostępniona do zwiedzania.
Rezerwat "Jelenia Góra"
Jest to rezerwat florystyczny utworzony w 1984 roku w Szymbarku na wzniesieniu (684 m) o tej samej nazwie. Ma powierzchnię 12,97 ha a ochronie podlega tu paproć języcznik zwyczajny, w zespole jaworowym. Ponadto ochronie podlegają naturalne lub półnaturalne fragmenty buczyny karpackiej. Języcznik zwyczajny występuje na stromym stoku, w obrębie rumoszu skalnego. Drzewa są tu w wieku przeciętnie ok. 100 lat, choć zdarzają się 30 metrowe osobniki, liczące nawet ponad 160 lat. Na obrzeżach rezerwatu znajduje się osuwiskowe jeziorko zwane "Beskidzkim Morskim Okiem". Jest to największe naturalne jeziorko osuwiskowe na terenie całych polskich Karpat fliszowych, znajdujące się w największym osuwisku. Powstało ono w 1784 roku, a odnowione zostało w roku 1913. Wtedy też powstało jeziorko o wymiarach ok. 50 x 20 metrów. Ostatnie większe obsunięcia materiału skalnego miały miejsce w 1974 roku. Widoczna jest ogromna nisza osuwiska i wielki jęzor, który jest dziś porośnięty drzewami, lecz nie całkiem stabilny. Aby badać
ruchy osuwiskowe w rejonie Szymbarku powstała tutaj stacja Polskiej Akademii Nauk. Opracowano także mapę geologiczną terenów osuwiskowych
Obszar sieci Natura 2000
W granicach Beskidu Gorlickiego leży obszar zaproponowany do włączenia do sieci Natura 2000 o nazwie "Ostoja Magurska" (kod: PLH180001), typu B (Wydzielony Specjalny Obszar Ochrony, bez żadnych połączeń z innymi obszarami Natura 2000). Obszar ten pokrywa się dokładnie z granicami Magurskiego Parku Narodowego.
Więcej informacji na jego temat na stronie Ministerstwa Środowiska. Stąd możesz pobrać mapę w wysokiej rozdzielczości (uwaga, duży plik!) i informacje na temat Ostoi Magurskiej w formacie PDF (Źródło: http://natura2000.mos.gov.pl/).
Obszar chronionego krajobrazu
Na mocy rozporządzenia wojewody nowosądeckiego z dnia 1 października 1997 r. prawie cały obszar dzisiejszego powiatu gorlickiego, który stanowi większą część Beskidu Gorlickiego, objęty został ochroną jako obszar chronionego krajobrazu. W praktyce jednak nie znaczy to nic. Nie ma żadnych ograniczeń budowlanych itp.
Utworzony w 1953 r. Zajmuje obecnie powierzchnię 11,9 ha. Znajduje się on przy grzbiecie pasma Magury Wątkowskiej, granicząc z terenem Magurskiego Parku Narodowego. Na terenie rezerwatu znajdują się wychodnie skalne piaskowca magurskiego płaszczowiny magurskiej oraz ciekawe zespoły buczyny karpackiej i kwaśnej buczyny górskiej, wraz z gatunkami flory regla dolnego. Kiedyś rosły tu dwa okazy kosodrzewiny, ale uschły - było to ostatnie miejsce występowania kosodrzewiny w Beskidzie Niskim. Rezerwat charakteryzuje się również bardzo bogatą fauną owadzią. Znajduje się tu jedna z najdłuższych w polskich Beskidach jaskinia Mroczna. Jest ona siedliskiem kilku gatunków nietoperzy. Nie jest oficjalnie udostępniona do zwiedzania.
